A 2ª Guerra Mundial estoura na Pacífico e o Tenente-Coronel Duke E. Gifford é um dos homens no comando. Ele resgata crianças de ilhas dominadas pelo inimigo, supervisiona o desenvolvimento de torpedos em Pearl Harbor e explora o fundo do mar à espreita no submarino Thunderfish em busca de uma chance de mirar seus torpedos no inimigo. John Wayne interpreta Gifford em Águas Traiçoeiras. Segundo ele mesmo, um homem de ação, e não de teorias, o que pode ser comprovado pelo seu desempenho em várias batalhas oceânicas. Mas ele é também um homem de coração com uma esposa amorosa em casa (a vencedora do Oscar Patricia Neal). Com a consulta técnica do Vice-Almirante Charles Lockwood, que comanda os submarinos norte-americanos na Segunda Guerra Mundial, não é de se estranhar que essa aventura seja tão realista.