O Vôo Final de Osiris (Escrito por Andy e Larry Wachowski; Dirigido por Andy Jones) - A tripulação da aeronave Osiris precisa transmitir a Zion uma mensagem de suma importância. E para tal, terão que atravessar uma exército de sentinelas que os separa da cidade.

O Segundo Renascer - Partes 1 e 2 (Escrito por Andy e Larry Wachowski; Dirigido por Mahiro Maeda) - A gênese da Matrix: as últimas cidades da humanidade, a guerra com as máquinas, e a queda final da humanidade. Um tour épico pelos arquivos de Zion e da história da Matrix.

Era Uma vez um Garoto (Escrito por Andy e Larry Wachowski; Dirigido por Shinichiro Watanabe) - Sentado em sua sala de aula, um garoto recebe um convite pessoal de Neo (voz de Keanu Reeves) para fugir da Matrix. Mas achar uma saída comprova-se muito mais difícil do que ele imaginava.

Coração de Soldado (Escrito e dirigido por Yoshiaki Kawajiri) - Na simulação de um treinamento no mundo dos Samurais, CIS, um dos soldados de Zion, é forçado a escolher entre o amor e seus camaradas no mundo real.

O Recorde Mundial (Escrito por Yoshiaki Kawajiri; Dirigido por Takeshi Koike) - Por meio de uma incrível combinação de força de vontade e força física, DAN, um corredor recordista mundial, consegue sair da Matrix e tem uma breve visão do mundo real.

Além da Realidade (Escrito e dirigido por Koji Morimoto) - Numa pequena cidade, onde nada é o que parece, YOKO acha uma falha no sistema: uma mansão abandonada onde nada é impossível. Mas o suporte técnico vem com força total para fazer o "de-bug".

Uma História de Detetive (Escrito e dirigido por Shinichiro Watanabe) - Investigador linha-dura, ASH esta à procura da cyber-criminosa TRINITY (voz de Carrie-Anne Moss).

O Robô Sensivel (Escrito e dirigido por Peter Chung) - Um pequeno grupo de rebeldes captura um robô sentinela e o reprograma para atuar como um aliado da causa.