Dez anos depois dos acontecimentos narrados no Episódio I, Amidala (Natalie Portman) não é mais a Rainha do planeta Naboo, mas sim senadora da República. Após um atentado fracassado contra a sua vida, o agora Mestre Jedi Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) e seu aprendiz - e futuro Darth Vader - Anakin Skywalker (Hayden Christensen) são destacados para protegê-la. Logo ocorre um novo atentado a cargo da assassina Zam, contratada pelo caçador de recompensas Jango Fett. Após uma alucinante caçada pelos céus do planeta-cidade Coruscant, Kenobi e Anakin capturam Zam, mas antes que ela fale alguma coisa Fett, à distância, a mata. Amidala retorna a Naboo acompanhada por Anakin, e lá o romance proibido entre os dois (Jedis não podem amar...) inicia. Kenobi, por sua vez, continua suas investigações, que o levam a um distante planeta onde milhares de clones de Jango Fett estão sendo criados e treinados para formar um grande exército da República. Anakin tem um pesadelo com sua mãe e decide retornar ao seu planeta natal, Tatooine. Lá, contudo, ocorre uma tragédia que o levará mais para perto do Lado Negro da Força. A bordo de seu caça estelar Jedi, Kenobi, após escapar de um feroz ataque da nave espacial de Jango Fett, chega ao planeta Geonosis. Logo descobre uma conspiração que busca separar da República vários sistemas estelares, liderada pelo ex-Jedi Conde Dookan (Christopher Lee), tendo a Federação de Comércio como aliada. Kenobi é aprisionado, não sem antes mandar uma mensagem para Anakin e o Conselho Jedi. Anakin, Amidala e os andróides R2-D2 e C3-P0 vão resgatar Kenobi, porém também são aprisionados por Dookan. Condenados à morte, os três humanos são colocados em uma gigantesca arena, onde para a diversão dos insectóides geonosianos, deverão ser devorados por feras monstruosas. Quando tudo parecia perdido, centenas de Jedi liderados por Mace Windu (Samuel L. Jackson) surgem para salvá-los. Inicia-se um feroz combate dos Jedis contra os geonosianos e os andróides da Federação, e no momento em que a balança começa a pender para os vilões, chegam naves carregadas com o exército de clones, comandado pelo baixinho (mas poderoso) Mestre Yoda. Inicia a "Guerra dos Clones", que no entanto não se compara ao antológico duelo de sabres de luz entre Yoda e Dookan! Cena esta, aliás, que resgata muito da magia e do espírito da trilogia original de Star Wars.