Uma equipe de pesquisadores da Terra utiliza-se do Stargate para uma viagem em princípio sem volta até a longínqua galáxia de Pegasus, onde encontram a mítica cidade perdida de Atlântida. A cidade era a base de operações da raça que criou os portais, conhecida como Ancients (Antigos ou Anciões, em português), possuidores de tecnologia milhares de anos mais avançada que a nossa. Contudo, esta tecnologia não impediu que os Ancients fossem derrotados por alienígenas predadores, os Wraiths (Espectros), que chegando a bordo de suas enormes naves-colméia, devastaram planetas inteiros alimentando-se da energia vital de seus habitantes. Sem poder voltar para casa, os exploradores utilizam o Stargate de Atlântida para explorar os sistemas estelares vizinhos, mas ao fazê-lo interrompem a hibernação dos Wraiths, que agora sabem da existência da Terra.