Toda vez que importantes clientes de uma firma de advocacia em Nova York tem problemas, são chamadas pessoas como Michael Clayton (George Clooney). Ele é o “manager”, o homem que administra crises e resolve problemas. Alguns dizem que ele faz “milagres” porque antecipa problemas e agravantes de situações já complicadas e os resolve da melhor maneira. Sempre aproveitando as brechas da lei. Em uma noite ele é chamado para resolver mais um caso destes e depois, na saída, tem o carro destruído por uma bomba. Em seguida, a história volta quatro meses no tempo, quando Clayton tem que lidar com uma crise sem precedentes em sua companhia. A firma de advogados para a qual ele trabalha está prestes a conseguir um importante acordo em um processo milionário contra a U/North, uma empresa importante do ramo de insumos agrícolas que contaminou a água de muitas famílias de uma pequena cidade muitos anos antes. Tudo está sob controle até que o advogado Arthur Edens (Tom Wilkinson) tem uma crise em uma audiência e provoca um escândalo, sabotando o caso que está sendo defendido e ameaçando divulgar detalhes do processo que podem acabar com a U/North e com a firma de advocacia. Clayton é chamado para administrar essa crise, mas a situação foge do seu controle.