A ex-esposa de Ray Ferrier (Tom Cruise) deixa com ele os filhos Rachel (Dakota Fanning) e Robbie (Justin Chatwin), para passarem o fim de semana. Uma estranha tempestade de raios é o prenúncio da invasão alienígena, cujo início Ferrier testemunha quando uma enorme máquina de destruição emerge do solo em plena cidade e passa a pulverizar pessoas e construções. Ferrier foge de carro com seus filhos, mas logo descobre que as máquinas trípodes estão por toda a parte. Lutando pela sobrevivência dos filhos, Ferrier tem de ser o pai que nunca foi.