Fora do radar como lutator de rua, Jason Bourne (Matt Damon) é surpreendido por Nicky Parsons (Julia Stiles), que o procura oferecendo novas informações sobre seu passado. Inicialmente resistente, ele acaba voltando aos Estados Unidos para continuar a investigação e entra na mira do ex-chefe Robert Dewey (Tommy Lee Jones), que teme mais um vazamento de dados. Dentro na CIA, no entanto, a novata Heather Lee (Alicia Vikander) acredita que tentar recrutar Bourne para a agência seja a melhor solução.