O garoto Elliott (Henry Thomas) vive em um subúrbio da Califórnia com sua mãe recém separada (Dee Wallace), seu irmão mais velho (Robert Mcnaughton) e a irmã caçula (Drew Barrymore). Uma noite ele encontra o que ele pensa ser um animal em sua garagem, que o assusta. Mas na madrugada seguinte ele descobre que a criatura é, na verdade, um alienígena bonzinho deixado para trás por seus semelhantes, quando caçadores de OVNIS do governo chegaram muito perto da sua nave. O garoto decide, com a ajuda dos irmãos, ajudar o pequeno E.T. a voltar para casa, enquanto o esconde da sua mãe e tem de lidar com uma perturbadora conexão mental que se estabelece entre ambos, que faz com que um sinta as e sensações e emoções do outro. Em paralelo, as investigações dos agentes do governo para encontrar E.T. os levam cada vez mais para perto da casa de Elliot.